Problemet med Teredo navalis

Vraget var velbevaret op til midten af 1990erne, men er nu akut truet af angreb fra pæleormen Teredo navalis. Denne pæleorm kom til Østersøen i 1993, da store mængder saltvand fra Nordsøen løb ned gennem Storebælt. Teredo navalis tilpassede sig hurtigt de nye økologiske forhold og begyndte at brede sig. Pæleormene er nu nået til Rügen og Darsserkoggen ligger lige ved den østlige kant af deres udbredelsesområde.